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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
21/12/2017 |
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Data da última atualização: |
21/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; MAGALHAES, A. F. B.; ESPIGOLAN, R.; PERIPOLLI, E.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; LOURENÇO, D. A. L.; AGUILAR, I.; BALDI REY, F. S. |
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Afiliação: |
RAFAEL LARA TONUSSI, UNESP; RAFAEL MEDEIROS DE OLIVEIRA SILVA, UNESP; ANA FABRÍCIA BRAGA MAGALHÃES, UNESP; RAFAEL ESPIGOLAN, UNESP; ELISA PERIPOLLI, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARCOS VINICÍUS ANTUNES LEMOS, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; HERMENEGILDO LUCAS JUSTINO CHIAIA, UNESP; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; RAYSILDO BARBOSA LÔBO, ANCP; LUIZ ANTÔNIO FRAMARTINO BEZERRA, USP; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; DANIELA ANDRESSA LINO LOURENÇO, University of Georgia; IGNÁCIO AGUILAR, INIA; FERNANDO SEBASTIÁN BALDI REY, UNESP. |
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Título: |
Application of single step genomic BLUP under different uncertain paternity scenarios using simulated data. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 12, n. 9, e0181752, 28 September 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0181752 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) models in different scenarios of paternity uncertainty with different strategies of scaling the G matrix to match the A22 matrix, using simulated data for beef cattle. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). Paternity uncertainty scenarios using 0, 25, 50, 75, and 100% of multiple sires (MS) were studied. The simulated genome had a total length of 2,333 cM, containing 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over the 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci randomly ranged from two to four. The BLUP model that considers phenotypic and pedigree data, and the ssGBLUP model that combines phenotypic, pedigree and genomic information were used for genetic evaluations. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match to the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias, and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; and YOUNG = young males. With the BLUP model, the accuracies of genetic evaluations decreased for both traits as the proportion of unknown sires in the population increased. The EBV accuracy reduction was higher for GEN and YOUNG groups. By analyzing the scenarios for YOUNG (from 0 to 100% of MS), the decrease was 87.8 and 86% for AFC and W550, respectively. When applying the ssGBLUP model, the accuracies of genetic evaluation also decreased as the MS in the pedigree for both traits increased. However, the accuracy reduction was less than those observed for BLUP model. Using the same comparison (scenario 0 to 100% of MS), the accuracies reductions were 38 and 44.6% for AFC and W550, respectively. There were no differences between the strategies for scaling the G matrix for ALL, BULL, and FEM groups under the different scenarios with missing pedigree. These results pointed out that the uninformative part of the A22 matrix and genotyped animals with paternity uncertainty did not influence the scaling of G matrix. On the basis of the results, it is important to have a G matrix in the same scale of the A22 matrix, especially for the evaluation of young animals in situations with missing pedigree information. In these situations, the ssGBLUP model is an appropriate alternative to obtain a more reliable and less biased estimate of breeding values, especially for young animals with few or no phenotypic records. For accurate and unbiased genomic predictions with ssGBLUP, it is necessary to assure that the G matrix is compatible with the A22 matrix, even in situations with paternity uncertainty. MenosThe objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) models in different scenarios of paternity uncertainty with different strategies of scaling the G matrix to match the A22 matrix, using simulated data for beef cattle. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). Paternity uncertainty scenarios using 0, 25, 50, 75, and 100% of multiple sires (MS) were studied. The simulated genome had a total length of 2,333 cM, containing 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over the 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci randomly ranged from two to four. The BLUP model that considers phenotypic and pedigree data, and the ssGBLUP model that combines phenotypic, pedigree and genomic information were used for genetic evaluations. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match to the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias, and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; and YOUNG = young males. With the BLUP model, the accuracies of genetic evaluations decreased for both traits as the proportion of unknown sires in the population incre... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Best Linear Unbiased Prediction. |
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Thesagro: |
Citogenética Animal; Gado de Corte; Hereditariedade; Seleção Fenótipa. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169502/1/Application-of-single-step-genomic-BLUP-under-different-uncertain-paternity-scenarios-using-simulated-data..pdf
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Marc: |
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| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | ALMEIDA, E. A. R.; PEREIRA, J. R.; CARVALHO, L. S.; SILVA, M. V. G. B.; MAGALHÃES, A. F. B.; VERARDO, L. L. Análises pós-estudo de associação no genoma de bovinos da raça Gir para a identificação de genes candidatos para perfil de ácidos graxos no leite. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 7.; SIMPÓSIO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO, 2.; SEMANA DA ZOOTECNIA, 15., 2023, Diamantina. Rumo ao futuro: [anais]. Diamantina: Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2023. p. 36-38.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | MAGALHÃES, A. F. B.; LOBO, R. N. B.; FACO, O.; MORAIS, O. R. de; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de; SAMENTO, J. L. R. Estimativa de parâmetros genéticos para características de habilidade materna em ovinos da raça Somalis Brasileira. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém: SBZ, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 7. | | MAGALHÃES, A. F. B.; LOBO, R. N. B.; FACO, O.; MORAIS, O. R. de; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de; SARMENTO, J. L. R. Estimativa de parâmetros genéticos para características reprodutivas em ovinos da raça Somalis Brasileira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 8. | | FERNANDES, A. A. S.; VIEIRA, J. I. G.; FERREIRA, P. H.; MAGALHÃES, A. F. B.; SILVA, M. V. G. B.; VERARDO, L. L. An insertion in Caracu breed genome with a possible role in fatty acids profile. In: REUNIÃO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 57., 2022, Campinas. Tropical animal science and pratice to feed the planet: proceedings. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia; São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. p. 232.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 9. | | MAGALHÃES, A. F. B.; LOBO, R. N. B.; FACO, O.; MORAIS, O. R. de; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de; SARMENTO, J. L. R. Comparação de dois modelos estatísticos para uso do peso a desmama como critério de seleção em ovinos da raça Somalis Brasileira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 21., 2011, Maceió. Inovações tecnológicas e mercado consumidor: anais. Maceió: Associação Brasileira de Zootecnistas, 2011. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 10. | | COSTA, E. I. S.; SIMEÃO, R. S. F.; MAGALHÃES, A. F. B.; ARAÚJO, J. F.; SOUSA, R. T. de; NASCIMENTO, E. N. do; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de; ROGÉRIO, M. C. P.; MARTINS, G. A. Estimativas de correlações entre os métodos, número de ovos por grama de fezes (OPG) e Famacha utilizados na identificação de helmintos em ovelhas Santa Inês e Morada Nova. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 1O.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO E PESQUISA, 3., 2008, Sobral. Anais... Sobral: Universidade Estadual Vale do Acaraú, 2008. 2 f. 1 CD ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 11. | | MEMORIA, H. de Q.; MARTINS, G. A.; FRIDRICH, A. B.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R.; ROGERIO, M. C. P.; MAGALHÃES, A. F. B.; NEVES, M. R. M.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. Fertilidade e prolificidade de ovinos criados em diferentes sistemas de produção na região Norte do Ceará. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 12. | | SIMEÃO, R. S. F.; COSTA, E. I. S.; MAGALHÃES, A. F. B.; SOUSA, R. T. de; ARAÚJO, J. F.; MORENO, A. M. B.; ALBUQUERQUE, F. H. M. A. R. de; ROGÉRIO, M. C. P.; MARTINS, G. A. Diferenças genéticas e não genéticas que influenciam o escore corporal e estimativa da associação entre a condição corporal e o número de ovos por grama de fezes em ovelhas Morada Nova e Santa Inês. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 1O.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO E PESQUISA, 3., 2008, Sobral. Anais... Sobral: Universidade Estadual Vale do Acaraú, 2008. 2 f.1 CD ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 13. | | TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; MAGALHAES, A. F. B.; ESPIGOLAN, R.; PERIPOLLI, E.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; LOURENÇO, D. A. L.; AGUILAR, I.; BALDI REY, F. S. Application of single step genomic BLUP under different uncertain paternity scenarios using simulated data. PLoS ONE, v. 12, n. 9, e0181752, 28 September 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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